1、申請機構不一樣。商標是通過商標局進行申請的，版權是通過中國版權登記中心進行登記的。
2、保護對象不同。我國商標權的獲得必須履行商標注冊程序，而且實行申請在先原則。《中華人民共和國商標法》規定，經商標局核準注冊的商標為注冊商標，商標注冊人享有商標專用權，受法律保護。著作權一般自動產生，不需要經過某些特別程序，根據《中華人民共和國著作權法》的規定，我國的公民和法人以及非法人組織是以作品的完成為著作權產生的標志而不是發表時。

3、保護期限不同。商標的期限只有10年有限期，超過10年需要進行商標續展。而版權進行登記之后，保護期為作者終生及死后50年。

4、客體不同。商標是區別同一商品或者服務的不同經營者并表明商品或者服務質量的商標標識本身。而版權(著作權)是針對文字、音樂、藝術、科學創作等原創的保護。